Bis 2020 hatte der Arbeitgeber die Summe der im Lohnsteuer-Anmeldungszeitraum einzubehaltenden und zu übernehmenden Steuerabzugsbeträge nach dem Zeitpunkt ihrer Entstehung einem Lohnsteuer-Anmeldungszeitraum zuzuordnen. Abweichend hiervon hat der Arbeitgeber dem Arbeitnehmer auf der elektronischen Lohnsteuerbescheinigung die einbehaltenen Steuerabzugsbeträge für das Kalenderjahr zu bescheinigen, in dem der Arbeitslohn als bezogen gilt. Die bescheinigte Lohnsteuer eines Kalenderjahres konnte dadurch von der angemeldeten Lohnsteuer eines Kalenderjahres abweichen. Dies führte dazu, dass bei einem maschinellen Abgleich der in der Lohnsteuer-Anmeldung angemeldeten Steuerabzugsbeträge mit den auf der Lohnsteuerbescheinigung bescheinigten Steuerabzugsbeträgen eines Kalenderjahres regelmäßig Differenzbeträge auftreten.
Deshalb ist ab 2021 in der elektronischen Lohnsteuer-Anmeldung die Lohnsteuer getrennt nach den Kalenderjahren, in denen der Arbeitslohn bezogen wird oder als bezogen gilt, anzugeben. Die Änderung gilt erstmals für nach dem 31.12.2020 endende Lohnzahlungszeiträume.
